Geschichte nach 1500

Der nassauische Graf Wilhelm der Reiche (1487-1559) richtete im Jahr 1536 in den Gebäuden des ehemaligen Franziskanerklosters ein Pädagogium ein, aus dem das heutige Gymnasium am Löhrtor der Stadt Siegen hervorgegangen ist. In den Jahren 1594 bis 1599/1600 und nochmals von 1606 bis 1609 war Siegen und das Pädagogium zeitweilig Standort der nassauischen Hohen Schule, die Graf Johann VI. der Ältere von Nassau-Dillenburg (1535-1606), ein Bruder Wilhelm des Schweigers, Graf von Nassau und Prinz von Oranien (1533-1584), 1584 in Herborn errichtet hatte und nach Siegen verlegte.

Der Bergbau, die Hauptquelle des Wohlstandes, sowie der Acker-, Wiesen- und Waldbau erlebten eine positive Entwicklung. Als Fürst Wilhelm I. sich weigerte, dem von Napoleon gegründeten Rheinbund beizutreten, wurde er von diesem abgesetzt. Das Siegerland wurde Teil des Siegdepartements innerhalb des Großherzogtums Berg. Nach dem Sturz Napoleons im Jahre 1813 kam Wilhelm Friedrich als König der Niederlande wieder in den Besitz seiner deutschen Erblande, die er aber 1815 an Preußen abtrat und wofür er im Gegenzug das Großherzogtum Luxemburg erhielt. Durch den Anschluss an Preußen wurden die historischen Bindungen nach Süden aufgelöst. Das Siegerland wurde nach Westfalen hin ausgerichtet, von dem es bis dahin durch eine jahrhundertealte politische, kulturelle, sprachliche und konfessionelle Grenze getrennt gewesen war.Die Stadt Siegen gehörte anfangs zum Gebiet des Erzbistums Mainz. Nach dem Übergang an Preußen 1815 wurde in Siegen, wie in ganz Preußen, die Union zwischen lutherischen und reformierten Gemeinden eingeführt. Siegen als Teil der westfälischen Provinzialkirche (heute Evangelische Kirche von Westfalen) wurde Sitz einer Superintendentur. Neben der römisch-katholischen Kirche gibt es in Siegen je eine griechisch-orthodoxe und eine rumänischorthodoxe Kirchengemeinde. Siegen ist Sitz des Ev. Gemeinschaftsverbandes Siegerland-Wittgenstein mit welchem 90 pietistischen Gemeinschaften, verschiedenen Freikirchen, Evangelisch-Freikirchliche Gemeinden (Baptisten), Evangelisch-methodistische Kirche, Selbständige Evangelisch-Lutherische Kirche (SELK), Adventgemeinde, mehrere Freie evangelische Gemeinden.